mysql.cc の com_use() の問題です。
mysqld 本体は関係ないので、心配はないでしょう。
もし気になるのであれば、他のバージョンの mysql コマンドをかわりに使えばいいでしょう。

mysql.cc が 1バイト 余分に削っていたのと、
保存領域を きれいにしていなかったので変なバイト列がかえっていました。
# 4.1 以上ではcom_use()の作りがかわっていました。

急ごしらえのテキトーぱっちをつけておきます
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村上


--- mysql-4.0.27/client/mysql.cc.orig	2006-05-07 03:55:46.000000000 +0900
+++ mysql-4.0.27/client/mysql.cc	2006-05-19 21:57:23.000000000 +0900
@@ -2215,15 +2215,18 @@
   MYSQL_ROW row;
   char *c_buff, *c_tmp;
 
+  bzero(tmp, sizeof(tmp));
+  bzero(buff, sizeof(buff));
+
   while (isspace(*line))
     line++;
   strnmov(buff,line,sizeof(buff)-1);		// Don't destroy history
   if (buff[0] == '\\')				// Short command
     buff[1]=' ';
   c_buff= buff;
-  while ((*c_buff != ' ') && (*c_buff != '\t')) // Skip connect command
+  while ((*c_buff != ' ') && (*c_buff != '\t') && (*c_buff != '\0') ) // Skip connect command
     c_buff++;
-  c_buff++;
+  if ( *c_buff != '\0' ) { c_buff++; }
 
   while ((*c_buff == ' ') || (*c_buff == '\t'))
     c_buff++;