Showです。物凄い勢い（笑）のアドバイスに驚き＆大感謝です。
皆様、ありがとうございます。

>   下記の発言は参考になりますか?
> http://lists.mysql.com/cgi-ez/ezmlm-cgi?1:mss:118623:200209:djghojikcekcfcjajekp

大変参考になりました。とりあえず5000個程度なら
問題はなさそうですね。スピードはともかく。

> 顧客を識別できるような「CustomerId」みたいな
> カラムを用意して運用するというのはいかがでしょうか？
> それから、よろしければ将来的に5000人に達する
> 顧客一人一人にテーブルを用意しなければならない
> 理由を教えてください。
> # 顧客一人あたりにテーブルを一個用意するのは
> # あまり効率的でないような気がします。

いえ、仰るとおりです・・・
本来は一つのテーブルにまとめたいのですが、そうすると
今度は最大10000〜15000カラム、最大100万レコード程度の
巨大テーブルになってしまう可能性があるのです。

イメージとしては100万程度の商品レコードがあって、
5000社がその中のそれぞれ2〜3万レコード（重複あり）に対して
それぞれ3カラム程度のデータを付与するという感じです。
って、伝わりませんよね。すいません。

あと、
■スピードはそれほど必要としない
■個別テーブル毎の件数カウント・リスト出力の機会が多い
■複数テーブルにまたがる検索は基本的になし
といった状況もありましたので、この方向で検討しています。

正直、ほぼ素人でして、これが正解かは全く自信ありません。
なんか変なこと書いてたらごめんなさい。