いけだです。

ことの発端は「order byするとlimitしているのに遅い」ということでしたね？

>  インデックスされたカラムに対して
> Order By をすると、Where句の条件（検索結果のレコード数）によって
> パラパラとデータが返ってくることがあります。
> 結果的に limit で指定した件数が返ってくるまでに数秒かかってしまう状態です。

Order Byを付けたことでインデックスが使えない処理が走っていたりとか
ではなかろーかと、想像したりします。

とりあえず、Explainしてみることをお薦めします。

また"LIMIT x"だとx行分の処理ですみますが、"LIMIT x, y"だと、
内部的にはx+y件処理する（クライアントに返すのはy件onlyだけど）ので、
yが大きい場合に遅いのは仕様だった気がします。＞要確認