島村です。皆さんありがとうございます。

不要な項目がいたずらをしているのかと思い、必要項目だけのテーブルを作って試して
みたのですが結果は同じでした。

mysql> create table test ( question_no int, create_date datetime);

mysql> insert into test (question_no, create_date) select question_no, create_
date from answer;

mysql> select  question_no from test order by create_date desc limit 10;
+-------------+
| question_no |
+-------------+
|           1 |
|           1 |
|        5103 |
|        5103 |
|        5103 |
|        5102 |
|        5102 |
|        5102 |
|          34 |
|          43 |
+-------------+
10 rows in set (0.01 sec)

mysql> select distinct question_no from test order by create_date desc limit 1
0;
+-------------+
| question_no |
+-------------+
|        5103 |
|        5102 |
|          34 |
|          43 |
|        5031 |
|        5008 |
|        4910 |
|        4939 |
|        4954 |
|        4886 |
+-------------+
10 rows in set (0.25 sec)

片寄さんが書かれていたことが原因のような気がします。
もう少し調べてみます。