DAYと申します。

レンタルサーバーでのApache+PHP+MySQL設定がうまくいかず、
ここ数日格闘しておりまして、助言いただければと思い投稿しました。
過去ログも確認しましたが、解決に至っておりません。
知識不足が否めない点が多々あると思いますが、よろしくお願いします。


症状としては、
MySQLをインストール後、起動しましたが、起動しませんでした。
また、rootのパス設定もできず、そのためかmysqladminが動作しません。
過去ログ "[mysql 08256] インストールしたのですが、使用できません"
の症状に似ていると思います。

インストール時の手順ですが、
ソースコンパイル後、make、make installし、
初期化(./scripts/mysql_install_db)しました。
ユーザ・グループを追加し、アクセス権を設定しました。
  # chown -R root /usr/local/mysql
  # chgrp -R mysql /usr/local/mysql
  # chown -R mysql /usr/local/mysql/var

その後、MySQL起動しましたが、起動しません
  # /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe &
  # [1] 731
  # A mysqld process already exists
  # [1]+  Exit 1                  /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe

(この辺りの動作について、色々とWEBで検索して、いじってしまったので、
 サーバーも私もごちゃごちゃになってしまっています。)

rootパスワード設定では、このエラーが出ます。
  # mysqladmin -u root password root
  # mysqladmin: connect to server at 'localhost' failed
  # error: 'Access denied for user: 'root@localhost' (Using password: NO)'


わからないなりに調べた情報です。
  # ps -ef |grep mysql
   root       549     1  0 15:59 ?        
     00:00:00 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe 
                    --datadir=/usr/local/mysql/var 
                    --pid-file=/usr/local/mysql/var/coucon.net.pid
   mysql      583   549  0 15:59 ?        
     00:00:00 /usr/local/mysql/libexec/mysqld 
                    --basedir=/usr/local/mysql 
                    --datadir=/usr/local/mysql/var 
                    --user=mysql
                    --pid-file=/usr/local/mysql/var/coucon.net.pid 
                    --skip-locking 
   root       701   640  0 16:01 pts/0    
     00:00:00 grep mysql

昨日寝るまでは、
  # InnoDB: Operating system error number 13 in a file operation.
のエラーログがでていたのですが、エラー内容が変わってしまっています。
理由は把握できておりません。


環境：RedHat9 , mysql-4.0.16
[ソースコンパイル時の設定]
 ./configure 
     --prefix=/usr/local/mysql 
     --with-charset=ujis 
     --with-unix-socket-path=/usr/local/mysql/tmp/mysql.sock
     --with-named-curses-libs=/usr/lib/libncurses.so.5.3

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