今晩は、織田です。

>ローカルの開発環境であれば、試してみるのですが、商品データ等の大事な
>データが入っているサーバーに、オプション設定ファイルであるmy.cnfを
>UPして、既存のデータがどうにかなってしまわないかが、心配なのです。

今まで「default-character-set=ujis」の指定がなくて
8bitスルーな状態(Latin1指定で実はEUC-JP)からちゃんと指定すると
言うことですよね。データ自身は変わらない状態でMySQLの動作が
変わるだけですが、影響する動作はテーブルやフィールドなどの名称と
ソートぐらいだったかと思うので、多分大丈夫だとは思いますが…
#内部の動作を知らないので迂闊な事は言えません

>また、"my.cnf"は、
>/etc/
>に入れるべきものなのでしょうか？
>/usr/loca/mysql-3.23.51/var/（テーブルデータディレクトリ）
>で良いのでしょうか？（或いは両方？）

FreeBSDのPackageとかPortとかでインストールする場合でも
通常と同じオプションになっているのか判りませんが
http://www.mysql.gr.jp/jpdoc/3.23.x/manual.ja_MySQL_Database_Administration.html#Option_files
の順に読み込まれ、後の設定が優先されます。
特に個別に指定を細かく変えたりしない場合は、設定を分散すると
訳が判らなくなりますので、/etc/my.cnfで良いのではないでしょうか。

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