Sharlandです。

>   高橋(智)です。
> 
>   私は3.0.6は使ったことは無いですが、3.0.6に変えた理由はどの
> ようなものでしょうか? 

書籍(JSP/サーブレット関係の単行本)の執筆のためです。
書籍は普通、脱稿してから、実際に書店に並ぶころには、
内容が陳腐化している場合が多々あります。
そのため、編集の方に、この3.0.6のJDBCドライバを使った
記事を書くように指示を受けていました。
個人的には、RedHatでもWinXPでも安定して動作している
「MySQL Connector/J 2.0」(2.0.14)でなんら問題はなかった
のですが・・。
「MySQL Connector/J 3.0」(3.0.6)は見事にSQL例外を
はき出します。

ちなみに、
このJakartaプロジェクトの「JNDI Datasource HOW-TO」のページには
MySQLのJDBCドライバを用いたデータベースアクセスの記事が
掲載されています。
http://jakarta.apache.org/tomcat/tomcat-4.1-doc/jndi-datasource-examples-howto.html

[以下抜粋]
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Versions of MySQL and the mm.mysql JDBC driver when have been reported to work: 

MySQL 3.23.47, MySQL 3.23.47 using InnoDB, MySQL 4.0.1alpha 
mm.mysql 2.0.14 (JDBC Driver) 
Please let us know if you have tested the new MySQL mm.mysql 3.0 driver.
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やはり、本家Jakartaプロジェクトでも、3.0.6はテストして
いないのでしょうか・・・。