MARUです。自己レスです。

>  WIN版のMYSQLサーバでデータベースの保存場所を、my.iniに記述する
> （あるいは、サーバ起動時のパラメータを指定する）ことによって指定でき
>  ますが、個々のデータベースを他のドライブ（ディレクトリ）へ分散する
> ことは出来ませんよね・・・。（多分）
> 

マニュアルの4.13.6に書いてありました。(英語だったので気づかなかった)
ソースをUSE_SYMDIRオプション付きでコンパイルしたらこの機能が使えました。

サーバ起動時のオプションで
　mysqld-opt.exe --use-symbolic-links

あるいは、my.cnf(ini)ファイル中で
　[mysqld]
　use-symbolic-links
　・・・・
と記述して、サーバを起動します。