はせがわです。
いつもお世話になってます。

マニュアルでは、
myisamchkを行う場合、サーバを落としなさいとありますね。
それでなければ、更新のないことが保証された上で、最低flush tableを
かけたあとに行うこと。とあります。

SQLコマンドで実現できるということで、そのあたりの問題点は
クリアされたコマンドだと信じていたのですが、とみたさんの
おっしゃられるような原因が濃厚ですね。

基本的に、myisamchkで行ったほうがよさそうですが、
レプリケーションを実行していることから、そうそう
停止させることが難しいといった現状です。

テーブルはそう簡単にはつぶれませんよとマニュアルに
あるので、それを信じるしかないでしょうか・・
check tableを行って、テーブルが破損したのが1回2回じゃないので、
check table を行ったことでテーブルが壊れたのか、壊れたことを
検知しただけなのかという問題があり、不安です。

後者なら定期的チェック、修復が必要なので・・