色々試しているうちに、違う不具合にぶつかりました。

CのCGIからコネクトをしてるんですが、呼び出し側のCGIプロセスが
死んでいるにもかかわらず、mysqldが落ちずに残存してしまう結果、
Too many connectで接続不可になる現象が続いています。

3.22系ではなかったのですが。

タイムアウトの設定などは可能なのでしょうか。

Clientでのパフォーマンスが悪いのも、このせいかもしれません。