岡善博＠中札内です。
実は、いつの間にか、zenpakudbが壊れてしまったので、再構築すます。
昼間の時間で、頭がスッキリしている時に行いますね。
かなり時間が時間が掛かると思います。

一部レスを書いておきます。

    > 自宅サーバでWordPressを立ち上げていて、不覚にもデータベースのバックアップ
    > 取らずにＯＳをFreeBSD 11.3Rp13から12.2Rp7に上げてしまいました。

    > wordpressを構築した時は、MySQL5.6でした。

    OSをバージョンアップした時点でのMySQLはいくつでしたか？
以前も書きましたが、WordPressを構築した時は、MySQL5.6で昨年だったか？phpやMySQLを
バージョンアップして、MySQL5.7にして、ずっと動いていました。
    (その時点のMySQLと合わせたバージョンにするのが望ましいと思っています。
     ibdファイルだけ無理矢理インポートするようなイレギュラーなケースなので、
     リリースシリーズをまたいだ(たとえば、5.6と5.7)状態で
     それが無理矢理できるようなものなのかわかりません)


    > ただ、DISCARD TABLESPACEを実行後、ibdは、消えていませんでしたが、念のため

    これも何かおかしいです。パスが間違っているか正しくibdファイルをつかめていない気がします。



    綺麗に以下のように再実行できますか？
    FreeBSDのレイアウトは知らないので、Linux - Generalを使って /usr/local/mysql
    の下にもろもろがある状態のコマンド例です。適宜読み替えてください。
    ----
コマンドは、/usr/local/bin/に有ります。
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3923608  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysql*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel     5174  8月 26 17:07 /usr/local/bin/mysql_config*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3618984  8月 26 17:11
/usr/local/bin/mysql_config_editor*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  5243608  8月 26 18:21
/usr/local/bin/mysql_install_db*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3621384  8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysql_plugin*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3822320  8月 26 18:21
/usr/local/bin/mysql_secure_installation*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3655328  8月 26 17:11
/usr/local/bin/mysql_ssl_rsa_setup*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3573640  8月 26 18:21
/usr/local/bin/mysql_tzinfo_to_sql*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  4453656  8月 26 18:21
/usr/local/bin/mysql_upgrade*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3813112  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqladmin*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  4063680  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlbinlog*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3827728  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlcheck*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel    27022  8月 26 17:12 /usr/local/bin/mysqld_multi*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel    27868  8月 26 17:12 /usr/local/bin/mysqld_safe*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3895288  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqldump*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel     7850  8月 26 17:12
/usr/local/bin/mysqldumpslow*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3808216  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlimport*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  4199256  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlpump*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3807960  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlshow*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  3826416  8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlslap*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  4131120  8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysqltest*
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  4494592  8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysqlxtest*

mysqldumpslowのコマンドを使ったら、dump時のコネクションが切れるのが、対応
出来たのかも知れません。

    /usr/local/mysql/bin/mysqladmin shutdown ###
    MySQLを止めます。他にコマンドがあるようならこれでなくてかまいません
通常は、/usr/local/etc/rc.d/mysql-server stop で行います。
    rm -r /usr/local/mysql/data              ### 一度中身をきれいにします
rm -r /var/db/mysql ですね。

    /usr/local/mysql/bin/mysqld --initialize-insecure --user=mysql
    --datadir=/usr/local/mysql/data ### データディレクトリを初期化します
    /usr/local/mysql/bin/mysqld --daemonize  ###
    MySQLを起動します。他にコマンドがあるようならこれでなくてかまいません
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server start で行います。

結果は、また、送らせて頂きます。