藤田です。

> 5.5.3 からとのことです。
> http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/charset-charsets.html

今回のDBは5.5.24であり、mysqlクライアントからは何の問題もないため
やはりPHP側の問題ではと思っております。
(ただし、/usr/share/mysql/charsets/のファイルはMySQL側のRPMに含まれているようですが)

>   $mysqli = new mysqli();
>   $mysqli->init();
>   $mysqli->options(MYSQLI_READ_DEFAULT_FILE, '/etc/my.cnf');
>   $mysqli->real_connect(〜〜〜);

上記の$mysqli->optionsによる方法でmy.cnfを読むようにして、
my.cnfに以下のように指定した場合も$mysqli->set_charset('utf8mb4');の時と
同じエラーとなってしまいました。

[client]
default-character-set = utf8mb4


上記で「default-character-set = utf8」とすればエラーはでなくなりますが、前回同様
4バイトUTF-8文字が4つの?になってしまいます。
やはりskip-character-set-client-handshakeにしてlatin1のままで接続しかないのでしょうか。


何とぞよろしくお願いいたします。