後藤です。

> サーバAでは、
> 　AUTO_COMMITが0（auto_commit=0の設定）
> 　Multi queryの設定が0（multiquery非許容）
> サーバBでは、
> 　AUTO_COMMITが1（auto_commit=1の設定）
> 　Multi queryの設定が1（multiquery許容）
> ということでしょうか。
> 
> MySQL接続後のクエリの実行内容はサーバA、Bで同じなので、
> こうなる原因はMySQLへの接続時のパラメタの設定が異なるか
> らでしょうかねぇ。

その通りだと思いますが、MySQL で autocommit=0 とか
マルチプルステートメントとかやったことが無いため、
詳しいことは判りません。

マルチプルステートメントはともかく、autocommit が
サーバAとBで異なっていたりするとアプリの動作が
かなり変わりそうですが・・・