はじめまして、後藤と申します。

>　サーバA　!%00
>　サーバB　+%00
>
> 今回の値の相違の意味は、一方がトランザクション区間中で、もう一方がトラ
> ンザクション区間中でないということでしょうか。
> 両方のサーバ上で同じようにトランザクション処理をしているつもりなのですが。

Wireshark で見てみたところ以下の通りに表示されたので、
この通りの意味なのかもしれません。

    Server Status: 0x0022
        .... .... .... ...0 = In transaction: Not set
        .... .... .... ..1. = AUTO_COMMIT: Set
        .... .... .... .0.. = More results: Not set
        .... .... .... 0... = Multi query - more resultsets: Not set
        .... .... ...0 .... = Bad index used: Not set
        .... .... ..1. .... = No index used: Set
        .... .... .0.. .... = Cursor exists: Not set
        .... .... 0... .... = Last row sebd: Not set
        .... ...0 .... .... = database dropped: Not set
        .... ..0. .... .... = No backslash escapes: Not set