後藤と申します。

> 件数が多くなると、検索時間が掛かるようになってきたため、
> 日付のうち、日(1-31)を表す部分を別の列(npdt_d)にして

テーブル定義の変更が許されるのであれば npdt を、年・月・日に分割し、
（例えば npdt_y, npdt_m, npdt_d）、以下のようなインデックスを作成し、

  CREATE INDEX idx2 on nippo ( sycd, npdt_y, npdt_m, nm );

以下のように検索することで改善されないでしょうか？
（月指定での集計しか出来ませんが）

  SELECT nm,
    sum(case when npdt_d=01 then 1 else 0 end) as 'h101',
    sum(case when npdt_d=02 then 1 else 0 end) as 'h102',
     :
    sum(case when npdt_d=30 then 1 else 0 end) as 'h130',
    sum(case when npdt_d=31 then 1 else 0 end) as 'h131'
  FROM nippo
  WHERE sycd = #sycd# AND npdt_y = #npdt_y# AND npdt_m = #npdt_m#
  GROUP BY nm
  ORDER BY nm

npdt_y と npdt_m を別列にすることで、検索方法が range では無く ref になるようにして、
GROUP BY や ORDER BY をソートでは無くINDEX順の走査だけにする、というイメージです。
なので、年月日に分割しなくても、npdt_ym のように年月の列だけ設けて

    CREATE INDEX idx2 on nippo ( sycd, npdt_ym, nm );

でも大体同じです。