確信はありませんが、これが影響している可能性はあります。
私も日本郵政の郵便番号辞書のデータでutf8とcp932のテーブルを作成してJOINしてみましたが副次キーの場合、
ジョインに索引が使われませんでした。
なぜだか分かりませんが、主キー同士の場合refに「func」表示が現れます。この場合、実際にどんな動作を
しているかは分かりません。
試しに、charasetをcp932に合わせた環境でもう一度試して見てください。

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(2012/04/11 17:03), ochiai wrote:
> 今気づいたことですが、手違いでtable-aとtable-bのキャラクタセットが異なっていました。本来はcp932で統一します。
> これは影響するでしょうか？