お世話になります。

Left Join句を付けたUPDATEで処理時間がかかりすぎているせいか、下記のエラーが出て、処理に失敗します。
処理時間が長くなるクエリーを実行する場合に、許容する接続時間を長く設定する方法をお教えください。できれば、WorkbenchのOption File設定画面のタブ名と項目名を教えていただければ幸いです。

実行したSQL

UPDATE `table-a` LEFT JOIN `table-b` ON ( `table-a`.`Ka` = `table-b`.`Kb` )
    SET `table-a`.`fa` = `table-b`.`fb`;

Error Code:2013
Lost connection to MySQL server during query

接続時間：600.526 sec

ちなみに、作業環境は以下の通りです。

＜作業環境＞
１．サーバーマシンの環境
　　MySQLサーバ：バージョン5.5.11
　　（mysql-5.5.11-win32.msi）
　　Workbench：バージョン5.2.33CE Revision 7508
　　（mysql-workbench-gpl-5.2.33b-win32.msi）
　　OS：Windows 7 Professional SP1(32bit)
　　PC：DELL Vostro(Intel Core 2 Duo,CPU E7500 2.93GHz) RAM 2.00GB
２．クライアントマシンの環境
　　サーバマシンと同じ構成のPC
３．データ
　　table-a
　　　　レコード数：約25万件
　　　　レコードサイズ：約３００バイト
　　　　`table-a`.`Ka`：VARCHAR(30) KEY設定済み
　　table-b
　　　　レコード数：約20万件
　　　　レコードサイズ：約３００バイト
　　　　`table-b`.`Kb`：VARCHAR(30) KEY設定済み

なお、今回のUPDATE処理時間を短くする方策に関する質問は別に投稿します。