奥野さん、ありがとうございます。

> skip-character-set-client-handshake
> init-connect=SET NAMES sjis
>
> この設定が要らないと思います。一つ目はConnector/Jでは使われませんし、
> ふたつ目はConnector/Jが上書きします。（接続時に自らSET NAMESで
> 文字コードを設定します。）

了解しました。

> Struts側の設定を見なおされてはいかがでしょう。

    <data-sources>
      <data-source type="org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource">
        <set-property property="driverClassName" 
value="com.mysql.jdbc.Driver" />
        <set-property property="url" 
value="jdbc:mysql://localhost/aliishop?useUnicode=true&amp;characterEncoding=sjis" 
/>
        <set-property property="username" value="root" />
        <set-property property="password" value="1028" />
      </data-source>
    </data-sources>
としています。

大切なことを書き忘れていました。
普通の文字はデータベースからShift_JISに変換できているのですが、BASIC認証を行って、
多分データベースから取得した文字列だけが文字化けしてしまっております。
BASIC認証の何かがおかしいということになるのでしょうか？
大変お手数おかけいたします。

> あと、もしかするとテーブルの文字コード指定が間違っている（例えばlatin1で作成されている）
> のかも知れません。その場合にはデータをリロードするなどの対処が必要となります。 
> 

utf8で設定しているので大丈夫です。

宜しくお願いいたします。

Kyoko Satoh