ご回答ありがとうございます。
EXPLAINの結果、テーブル定義は現在手元に導入端末がないため即答はできないのですが、
行った作業内容を下記に記載します。
※下記の作業で使用するデータはすべてmysqldumpで作成したものを取り込んでおります。
・complete でインストール
   ↓
・1万件程度のデータを取り込む
   ↓
・文字化けが発生
   ↓
・my.iniに「skip-character-set-client-handshake」を追記
   ↓
・1万件程度のデータで動作確認(さすがにレスポンスも問題はありませんでした)
   ↓
・10万件のデータを取り込む
   ↓
・「Got a packet bigger than ‘max_allowed_packet’ bytes」のエラーが発生
   ↓
・my.iniに「max_allowed_packet=128M 」と追記
   ↓
・10万件のデータで動作確認(先述のレスポンス問題が発生)
   ↓
・mysqlのアンインストール
   ↓
・mysqlの再インストール(typical)
   ↓
・10万件のデータを取り込む(「Got a packet bigger than ‘max_allowed_packet’ bytes」は発生しませんでした)
   ↓
・10万件のデータで動作確認(レスポンス問題が改善)
行った作業は以上となります。
再インストール後は最大利用バイト数のエラー、文字化けが発生しなかったため、my.iniは変更しておりません。
先ほどは詳細を記載できておらず、すみませんでした。


2009年9月7日22:13 SAKAI Kei <sak2@artry.co.jp>:
坂井です

神原さんこんにちは。
もうちょっと情報が欲しいところですね。

・complete でインストールした 5.0.45 で遅かった

・(何かをした−たとえばデータのダンプ)

・(何かをした−たとえばMySQLのアンインストール)

・typical で5.0.45を再インストールした

・(何かをした−たとえばmy.iniの記述等設定変更)

・(何かをした−たとえばダンプデータのインポート)

くらいのステップがあるのでは?と推察します。

ちなみに 「超極めるMySQL」という本を書いた頃なので 5.0.22時点
の情報ですが、typical では complete に比べて以下のディレクトリ
下のファイルがコピーされません。
excamples\
include\
lib\
scripts\
sql-bench\
(どれも実行速度に影響を与えるものとは思えないので、上記フロー
での「何かをした」の部分次第の効果と思いますが)

Thank you
On Mon, 7 Sep 2009 19:27:28 +0900
Yusuke Kambara <forecastresearchclub@gmail.com> wrote:
> こんばんは。神原と申します。
>
> レスポンスが改善した理由について教えていただきたく思い投稿致しました。
>
> MySQL5.0.45を使用したシステムで検索を行った際に10万件のデータから500件程度を抽出する検索で
> 4分程度の時間がかかっていました。
>
> あまりにレスポンスが悪いので再インストールしてみようとして、たまたまsetup typeをcompleteから
> typicalにしてインストールしたのですが、4分かかっていた検索が4秒程度になりました。
>
> 問題自体は解決したので良かったのですが、原因が知りたいのです。
>
> とても曖昧な質問になってしまい、申し訳ございませんが宜しくお願い致します。