YuGoさま　いけださま　堂前さま

伊藤です。
アドバイスを頂き解決いたしました。
第一に--defaults-file=を記述しないといけないのですね。
思いもつかず、頭を抱えていたので大変助かりました。

無事設定が出来そうです。
ソースからのコンパイルは止めに致しました。

> 他の方が書いていらっしゃるように、
> http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysqld-safe.html
> if you execute mysqld_safe with the --defaults-file or
> --defaults-extra-option option to name an option file, the option must
> be the first one given on the command line or the option file will not
> be used
> だそうです。
> ところで、このmysqld-safeですがmysqldを探すときにのぞみのものをみつけて
> くれるかどうかわからなかったので、mysqldを直接指定したほうが話がわかりや
> すいと思いました。それと、userを指定すると話がややこしいのでそのuserに
> なって実行したらどうでしょう。
> 
> $/usr/local/bin/mysql_install_db \
> 	--datadir=/usr/local/mysql/data \
> 	--basedir=/usr/local/mysql
> 
> $/usr/local/mysql/bin/libexec/mysqld \
> 	--defaults-file=/etc/my5.cnf
> 
> コンパイルからやり直されるのでしたらこちらも参考にしてみてください。
> http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/multiple-unix-servers.html
> http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/multiple-unix-servers.html