YuGoさま

有り難うございます。

./scripts/mysql_install_db --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf

Installing MySQL system tables...
070601  9:34:57 [ERROR] ./bin/mysqld: unknown variable 'defaults-file\=\/etc\/my5.cnf'
と--defaults-file=の設定が知らないよといわれています。

こちらでインストール
./scripts/mysql_install_db --user=mysql

./bin/mysqld_safe --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf&
として起動しようにも

Starting mysqld daemon with databases from /usr/local/mysql/data
STOPPING server from pid file /usr/local/mysql/data/INTRA.FUJIWA-NET.COM.pid
070601 09:36:09  mysqld ended
となり起動が出来ない状態です。

my5.cnfの抜粋
[mysqld]
basedir         = /usr/local/mysql
datadir         = /usr/local/mysql/data
pid-file        = /usr/local/mysql/data/mysql.pid
port            = 23306
socket          = /tmp/mysql.sock

これに設定しているpidファイル名も違うことから読んでいないと判断できそう
です。

ソースからconfigureオプションで指定し構築したいと思います。

> my5.cnf[mysqld]に
> basedir=
> datadir=
> pid-file=
> port=
> socket=
> を古いやつとぶつからないように指定して、初期化からやってみてください。
> 
> #/usr/local/bin/mysql_install_db --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf
> #/usr/local/bin/mysqld_safe --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf
>