こんにちは。藤田です。
遅くなりまして申し訳ありません。

>MySQLのバージョン、my.cnf（文字関係だけでも）、MyODBCの設定
>を教えていただけますか？

当方の環境です。

サーバー
OS:Windows2003 Server SE SP1
MySQLのバージョン：5.0.27

my.iniの内容
[client]
port=3306
default-character-set=sjis
[mysql]
default-character-set=sjis
[mysqld]
skip-character-set-client-handshake

DBの内容はすべてsjis_japanese_ciで統一しています。


クライアント1
OS:Windows2003 Server SE SP1
Access 2003

クライアント2
OS:WindowsXP Pro SP2
Access 97

クライアント3
OS:WindowsXP Pro SP2
Access 97 + 2003(共存)

クライアント4
OS:WindowsXP Pro SP2
Access 2003


いずれもODBCのInitialStatementに
「set names sjis」
としてあります。その他はデフォルトのままです。

お気づきの点がありましたらご指摘下さい。