こんにちは、村上です。本件、体系立てて説明できませんが、ご了承ください。

まず、バージョンアップですが、パッケージ組み込みのソフトについて、ユーザーがアップデート
してしまうと、パッケージのバージョンアップ時に問題が発生する可能性がありますので、私は
お進めしません。

私の場合を説明しますと、自分自身でMySQLサーバをインストールする場合、バイナリパッケージ
だと、どこにどうイントールされるのかよくわかりませんので、ソースからインストールしています。
インストール先は、/usr/local/にして、インストール後に、例えば、Ver.5.0.22の場合、
  % mv /usr/local/mysql /usr/local/mysql-5.0.22
  % ln -s /usr/local/mysql-5.0.22 mysql
と、複数のバージョンを保持できるように、しています。

以前使っていたMySQLからのデータ以降ですが、私はやったことがないのですが、通常のMySQLの
バックアップとリストアの手順で行うのが良いのではと思います。

ちなみに、私のソースのビルド時のconfigureのオプションは、以下の通りです。
./configure --prefix=/usr/local/mysql --with-mysqld-user=mysql --with-extra-charsets=all --with-charset=utf8
ソースからのビルドの手順の詳細はINSTALL-SOURCEで詳しく説明されています。
私は、この通りにしています。

Mac OS X Serverの場合、MySQLの起動停止の管理ができると思いますが、独自インストールだと
これは使えないと思いますので、まずは、パッケージ付属のMySQLを停止して、StartupItemか、launchd
で起動するように設定することになると思います。

私は、Tigerから使えるようになったlaunchdで起動していまして、

/Library/LaunchDaemons

にファイルcom.mysql.mysqldを置いています。
私の場合、以下の内容にしています。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC -//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd >
<plist version="1.0">
<dict>
        <key>Label</key>
        <string>com.mysql.mysqld_safe</string>
        <key>ProgramArguments</key>
        <array>
                <string>/usr/local/mysql/bin/mysqld_safe</string>
                <string>--user=mysql</string>
        </array>
        <key>OnDemand</key>
        <false/>
</dict>
</plist>

以上、参考になったでしょうか？
--
ビッツ有限会社　代表取締役社長　村上幸雄
　　　　　　　　技術士第一次試験合格（情報工学部門）
<e-mail> murakami@xxxxxxxxxx
<URL>    http://www.bitz.co.jp/