樺山です。

新しく分かったことがあります。
SELECT文を発行した際に出る「エラー」は下記の内容でした。

User 'ユーザ名' has exceeded the 'max_questions' resource (current 
value:300000)

このエラーの原因についてはこれから調査を行います。

あと、片方のデータベースだけ反応しないので、max_connectionsは違うという
判断に至りました。

だいぶ解決に向けて兆しが見えてきたので頑張ります！


> max_connectionsは同時接続可能数、平たく言えば100に設定されていれば100人
> までは問題なく、101人目は蹴られます。
> http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/too-many-connections.html
> 誰かが接続をやめるとその次に接続に来た人が接続できる、という感じです。
>
> max_connectionsはMySQLサーバ全体の設定なので、本当に片方のデータベース
> だけ反応しないのであれば、違うと思います。でももう片方に接続できたのは
> 「たまたま」だったということもあるかもしれませんね。それだと話はだいぶ
> 違ってます。
> 「エラー」の内容がわかって一気に解決、だといいですね。