池田です。

> そこでお聞きしたい事は、JDBCドライバーはネットワーク越しではパフォーマンス
> がかなり落ちるのでしょうか？
> それともMySQLの設定、JDBCの使い方に問題があるのでしょうか？

JDBCドライバでは、Javaプラットフォームの制限により、MySQLへの
接続手段としてはTCP/IPのみに限定されています。
サーバがlocalhostにある、リモートマシン上にある等
に関わらず、JavaのSocket APIが使用されることになります。

従って、リモートマシン上にMySQLが存在する場合、ネットワークそのものの
オーバーヘッドが生じますが、それ以外に差異はありません。

たぶん、JDBCドライバではなく何かネットワーク的な問題があるのではと
思います。