菅原です。

"山下 智久" <peanuts1113@xxxxxxxxxx>さん：
> HyperThreadingを無効にしただけで約1/2の処理時間になりました。

　ひょっとするとこれと関連しているかもしれません。
http://japan.cnet.com/news/ent/story/0,2000056022,20091397,00.htm

　記事はHyper Threading利用時のMicrosoft SQL Serverの性能低下の話ですが、

> Intelのハイパースレッディング技術により、論理プロセッサがL1およびL2キ
> ャッシュを共有する。これにより、L1およびL2キャッシュの内容が廃棄される
> ことが考えられる

が問題であれば、同様のことがMySQLでも起こっている可能性はあると思います。
（特に高負荷時には顕著になるかと）

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菅原はじめ＠うぃーくぽいんと
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