自己レスです
かなり間があいてしまいましたが、幾つか試してみました。

1.TPC-Wもどき
OSDL DBT-1という負荷ツールで測定した結果です。
bogotransactions per secondは、擬似トランザクション
として見てください。
テーブルは全てInnoDBです。変更したサーバパラメータ
は両バージョン共通で使用しています。

V4.1.15 測定値 271.9 bogotransactions per second
V5.0.15 測定値 252.9 bogotransactions per second

このツールでは、V4.1.15の方が高い値が出ます。
因みに、前のメールにある --innodb_thread_concurrency を
デフォルトの 20で測定すると、
V5.0.15 測定値 173.7 bogotransactions per second
とかなり下がってしまいます。
このパターンでは、V4.1.15の方が早いと言えます。

2.mysqlbench
幾つかの環境で試しに走らせてみました。
  mysqlbenchパラメータは"-c 10 -t 100"
  mysqldパラメータはデフォルト
  結果は全てInnoDBのもの
  SUSE系(Pro,ES,他 バラバラです) Kernel2.6

Case1:CPU=P4 3.2GHz Hyper-Threading=ON
  v4.1.15
    tps ( exclude connections establishing)   : 643.358227
  v5.0.15
    tps ( exclude connections establishing)   : 783.802870

Case2:CPU=P4 2.80GHz
  v4.1.15
    tps ( exclude connections establishing)   : 349.929314
  v5.0.15
    tps ( exclude connections establishing)   : 584.750525

Case3:CPU=Transmeta(tm) Crusoe(tm) Processor TM5800 1GHz
  v4.1.15
    tps ( exclude connections establishing)   : 112.246245
  v5.0.15
    tps ( exclude connections establishing)   : 169.056934

mysqlbench では、V5の方がいい結果が出てしまいました。
DBT-1とは逆の結果ですね。

こちらでは、今のところ効果的なパラメータは見つかってい
ません。

> ツールの仕様も影響すると思いますが、上記サイトの結
> 果も、その辺の値が影響しているのでは無いでしょうか？
> (こっちは推測ですが...)
すいません。本当に推測に終わってしまいました。

Xeon 3.6GHz Hyper-Threading=ON 2発のサーバでも試して
見ましたが、両バージョンとも何故か300前後しか出ません
でした。mysqlbenchを"-c 50"で測ると、そこそこ値が上が
るので、また違った傾向がでるのかもしれません。

追試が出来たら、また報告いたします。(いつ出来るのやら...)

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