佐々木です。
会社の proxy が無応答状態だったので、送信できませんでした。（泣）

ちょっとググったら下記のような説明が出てきました。

character_set_client     ... クライアントから渡されるSQL文の文字コード指定
character_set_connection ... SQL文中の文字列リテラルの値（デフォルト）
character_set_database   ... CREATEで指定されなかった場合この指定が反映される。
character_set_results    ... クライアントへの結果を返すときの文字コード。
character_set_server     ... set_databaseのデフォルト値へ影響。
character_set_system     ... テーブル名などに使われる。

SET CHARACTER SET は character_set_client と character_set_results を変更する
だけなので、検索系の用途であってもプログラムで利用するなら SET NAMES でしょうね。

一方、MySQL 4.1 以上だと日本語でテーブル名等のメタデータを扱えないので、
Access のリンクテーブル程度だったら SET CHARACTER SET で間に合うのかも。

とはいえ、開発する立場の人間なら SET NAMES で統一した方が無難でしょう。
日本MySQLユーザ会の F.A.Q も SET NAMES で統一されている気がしますし、
MySQL AB に関連する方々からのメール内容も同じ傾向にある気がします。
（この辺は WEB ページだけ見てる人にはわからない・・・）

では。