城です。

昔のひろせさんの
http://myna2.mysql.gr.jp/mysqlml/mysql/msg/9694
に関連することなんですが

mysqld 4.1.1以降、
テーブル作成の際に自動的に DEFAULT CHARSETを指定しない場合、
DEFAULT CHARSET=my.cnf(my.ini)の[mysqld]で設定したcharsetが使われます。

4.1.1以降4.1.12未満でsjisで運用していて、
テーブルファイルをそのまま使用し、バージョンアップすると、
4.1.12のsjisが使われるため、機種依存文字や〜がインサート時に解析できず化
けます。

これを解決するにはテーブルのエンコーディングをcp932に変更します。

alter table `table_name` default charset=cp932

この際、私のテストでは以前からあったデータの機種依存文字はきちんと生きて
いました。
が、念のためバックアップを取ってから実行してください。

城
jo@xxxxxxxxxx