織田です。

インデックスの最適化はALTERを利用して可能ですが
http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/innodb-file-defragmenting.html
占有ディスクスペースの圧縮は、データをdumpしてから
一度削除(DELETE文ではなくファイルシステム的に)して、
再度書き戻すしかないと思います。自動拡張は設定してあれば
勝手にやりますが、縮小に対しては便利な機能はありません。
削除するのはibdata、ib_logfile、tablename.frm(DROP TABLEしてれば不要)

気をつけたいのが、InnoDBのデータファイルはひとつのまとまった
ものになっているため、dumpにせよrestoreにせよInnoDBを利用している
他のデータベースやテーブルも同時に作業する必要があることです。
(この辺はMySQL4.1以降で分離する兆しはありますが)
またrestore(import)の際にはオートコミットモードをOffにして、
最後にコミットするのを忘れずに。

mysqldumpで作業自体はそんなに苦にはならないとは思いますが
>テーブルの数は40個ほど（ほぼ全てがinnodb)ありますので、最初から
>テーブルを再定義するのはさけたいと思っています。
要するには、これは避けられないかと。

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Sumito_Oda mailto:oda@xxxxxxxxxx