たてやんっす

接続できた時（パスワード設定した時）とエラーが出た時とで
実行バイナリが違っていたりしませんか？
メッセージを見る限り

　　自分自身でコンパイル＆インストールしたあとmysqldを手動で起動してます
　　
　　このあと再起動した時は　自動起動に設定したのでしょうか？
　　/etc/init.d/ にmysqlを起動できるように起動スクリプトを記述しましたか？

推測にいたった一つは
> ユーザー権限は
> # /usr/local/mysql/bin/mysql -u root

としていて　再起動後
[root@test mysql]# mysql -u root -p
としてますね？　　パスを通したとも考えられますが

一度現在のmysqld をシャットダウンして
（例 mysqladmin shutdown)

その後で
/usr/local/mysql/bin/mysqld_safe &
で起動してから、先に設定したパスワードで起動してみては
いかがでしょう？

SHOW VARIABLES  like '%dir';
で　datadir の情報や basedir の情報を確認してみてください

Shirataniさんの
題名「[mysql 11038] 接続エラー」のメールからの引用です
> 初めて投稿します。
> Shirataniと申します。よろしくお願いします。
> 環境は
> OS:Redhat Linux 7.3
> database:MySQL 4.0.23a
> です。
> 
> Mysqlをインストールしてユーザーの権限を作成して普通にアクセスできたのです
> が、
> マシンの再起動を行ったところ接続できなくなってしまいました。

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  彡彡从        たてやんっす
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