たまにお世話になっています（？）高橋です。

私も同じようなところで、先日つまずきました。完全な解決には至ってませんが、
参考になればと思いまして・・・。

> １．MYSQL4.0.16をアンインストールし、MYSQL4.1.9をインストールしました。
> →rootログインすることができ、正常に使えることができましたが、GUIツール
> かねやんSQLを使ってrootでログインできなかったため、アンインストールしま
> した

このインストールしたMySQLは、windowsのバイナリ版でしょうか？
もし、そうなのであればデフォルトでServer charactersetがUTF-8になっている
と思います。コマンドプロンプトよりrootログインしてstatusをみてみると、確
認でます。かねやんSQLは、シフトJISもしくはEUC-JPどちらかのバージョンしか
ありませんので、正しいパスワードでrootログインしようとしても文字コードの
問題でログイン出来ない（文字化けしてしまう）のではないでしょうか？
phpMyAdminでEUC-JPの設定のまま、MySQL4.1.9にログオンしようとしても同じよ
うにログインできませんでした。（設定を見直せば可能なのでしょうが・・・。）
試してはいないのですが、ソースからEUC-JP等で指定してインストールすれば、
可能かと思います。

> ２．MYSQL4.1.9をアンインストールし、MYSQL4.0.16を再インストールしました。
> →rootでログインできなくなりました。
> 
> エラーコード：2003　Cannot Connect to MYSQL Server on localhost(10061)
> 
> べつにrootのパスワードをいじったわけでもないのですが・・・・
> 解決策はありますか？あれば教えていただきたいのですが・・・・。

憶測ですが、rootのパスワードをいじっていないということは、データフォルダ
自体はそのまま使っているという形になると思います。何かの拍子に（曖昧です
みません）rootのパスワードの文字モードが変わってしまった。とかありえない
でしょうか？
再度、rootのパスワードを無し（設定しない）でインストールしてみてはどうで
しょうか？
コマンドプロンプトからログインできるのであれば、パスワードを削除してみる
とかはどうでしょうか？


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星野電気株式会社<http://www.hoshino-dk.co.jp/>
工事部技術第１部　高橋政利 <takahashi@xxxxxxxxxx>