利光です。

mysqlネタとはずれるのですが、
このFileMakerの環境はなんなのでしょうか？
MacOS9とかで古いバージョン(7より前)のFilerMakerだったりしませんか？
＃新しいバージョンで試してたらすみません。

http://www.filemaker.co.jp/products/fm_faqs.html
によると
>>・データベースのキャパシティが、劇的に拡大。
>>拡張されたデータベースのファイルサイズは、
>>これまでの限度の4,000倍。

とありますので、
今回の1,000件(3G程度？）でだめになったというのが気になりました。 
仮定として1MB程度が最大とすれば4Gで計算はあうのですが、
前のバージョンがいくらなんでも最大容量が1MBということは
ないと思いますので、古いバージョンであれば
もう一度、新しいバージョン(7)と新し目のOS（OS-XもしくはXP）で
試して見るのもよいのではないでしょうか？

ひとつ前のバージョンでもディレクトリ指定でファイルが一括で
取り込みが行えるとあるので新しいバージョンで
もう一度テストするのも比較的楽に行えるのではと思います。
http://arena.nikkeibp.co.jp/rev/soft/20021209/103070/

またFilerMakerに画像をおかないpluginというのもあるようです。
http://www.factory-1987.co.jp/Factory/FileMaker_Plug-in_folder/F-FileMaker_Plugin.html


>という流れで利用することを実現したいと思っているとのことでした。
>今は実験的にFileMakerを試しているけども1000枚当たりで動かなくなったと。

＃念の為に断っておきますが、
＃mysqlで構築するのを否定してるわけではありません。