佐竹です。

>  このような場合には、不意に接続が切れたとしても、Connection取得要求時に、
>DBCPのレベルでコネクションを再生成して返すよう、DBCP の validationQuery
>プロパティを使用するのが通常ではないでしょうか?

う〜ん、「通常」というより好みというかポリシーの問題かな・・と捕らえてます。
Driver 特有(DB特有）の機能を使う長所・短所はありますし、DBCPの機能を
使う長所・短所もあるでしょうから。
個人的には MySQL しか使用しないのであれば、わざわざ
borrowObject()やreturnObject()で毎回接続テストをしなくても
よいのではないかな・・と思ったりします。

実際 jakartaのページのサンプル
http://jakarta.apache.org/tomcat/tomcat-5.5-doc/jndi-datasource-examples-howto.html
に MySQL では autoReconnect=true をセットするサンプルが示されてます。