返信ありがとうございます。
後藤です。

> 4.1系でも、5.0系でも、Connector/Jの3.0系を使う限り、
> JVM上にSELECTした時点でsjisのベンダー定義文字は化けてしまいます。
> 対処法としては、現時点では
> １．MySQL4.0系を使う
> ２．MySQL4.1以降を使わざるを得ないなら、キャラクタセットをutf8にする
> ３．Connector/J 3.0のソースコードを修正する
> といったところでしょうか。
> もしソースコードを変更される場合は、
> com.mysql.jdbc.CharsetMapping.javaの
> tempMap.put("sjis", "SJIS");
> という行を、
> tempMap.put("sjis","MS932");
> に書き換えてビルドし直せば良いことを実機で確認しています。

なるほどです。
かなり解明されてきました。
ビルドし直しの方向でやってみたいと思います。
ありがとうございました。