すぎもとです。
ご返事遅くなりました。

> すいませんが、ちょっと状況がわからないので、もう一度。

お手数かけます。

テンポラリーテーブルを使おうと考えたのは、ユーザーの要求で
リストを相反する条件で提供せねばならず、一時的なテーブルを
複数用意したかったためです。
Perlスクリプトでの開始時にCREATE TABLE でその都度作成し
ようと考えています。
本来的な用途とはちょっと違うのかもしれません。

> ただ前のメールにも書きましたがもmod_perl+Apache::DBIでは
> 同一ユーザ、同一データベースに対する接続を使いまわします。
> このとき接続を保持するのはApacheのプロセスですから、
> どのセッションが使われるのかは運次第ってことになってしまい、
> テンポラリテーブルを使うのは難しいと思います。

Perlスクリプトでの接続破棄の如何によらず、Apacheの動作次第
ということですね。
使い回しを防ぐためには、Perlスクリプトでの接続破棄時に、Drop 
Table すればよいのでしょうか。

> どのようなことをしたいのかにもよりますが、スクリプトをまたがって
> 情報を保持したいということであれば、接続を保持するための
> プロセスを別にたててプロセス間通信してみるとか？
> それよりはApache::Session、CGI::Sessionのように識別する
> ための情報を生成して、それをキーにデータを格納するほうが
> よいような気がしますけど。

すみません。そんなに高度なことではないです。
ありがとうございます。